Способность образовывать лимонную кислоту при росте на средах с углеводами — свойство, широко распространенное среди мицелиальных грибов. Для получения лимонной кислоты в лабораторном и промышленном масштабе использовали грибы рода Aspergillus (в том числе виды A. awamori; A. clavatus, A. furna-ricas, A. japonicus, A. niger, A. wentii), рода Penicillium (в том числе P. chrysogenum, P. citrinum, P. citrogenutn, P. luteum), а также Botrytis cinerea, Paecilomyces divaricatum, Mucor piriformis, Polyporus anceps и некоторые другие.
В настоящее время в качестве продуцента лимонной кислоты применяются различные штаммы A. niger. Используемые в производстве штаммы отличаются большой скоростью роста, легкостью культивирования и высоким выходом лимонной кислоты.
До недавнего времени в производстве использовали специально селекционированные штаммы гриба, выделенные из природных источников. Последние, два десятилетия в качестве продуцентов все шире применяются экспериментально полученные му-тантные штаммы, отличающиеся от природных рядом положительных свойств, в первую очередь более высоким выходом целевого продукта.